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中國科學院合肥物質科學研究院坐落在合肥市西郊風景秀麗的蜀山湖畔科學島上, 面積約 2.65平方公里。合肥研究院正式成立于2003年5月, 由科學島上原有的4個研究所 (安徽光機所、等離子體所、固體物理所、合肥智能機械所)與原合肥分院合并組成，與地方政府共建了安徽工業(yè)技術創(chuàng)新研究院、皖江新興產業(yè)發(fā)展中心、淮南新能源中心、中科院合肥技術創(chuàng)新工程院、合肥離子醫(yī)學中心, 與安徽省科協(xié)共建并負責管理合肥現(xiàn)代科技館。

合肥研究院主要學科方向包括：磁約束核聚變科學與技術、大氣環(huán)境探測與監(jiān)測技術、強磁場科學與技術、先進核能與核安全技術、特殊環(huán)境服役材料、機器人與智能裝備、現(xiàn)代農業(yè)技術、醫(yī)學物理與技術以及高技術等。當前，研究院在磁約束核聚變、大氣環(huán)境監(jiān)測、強磁場科學與技術等學科方向已躋身國際先進行列，部分方向已處在國際領先方陣。

合肥研究院現(xiàn)擁有1個國家工程技術研究中心，1個國家工程實驗室，32個省部級重點實驗室/工程中心, 承擔建設了3個國家重大科技基礎設施，包括已建成的全超導托卡馬克核聚變實驗裝置(EAST)和穩(wěn)態(tài)強磁場實驗裝置，正在建設的聚變堆主機關鍵系統(tǒng)綜合研究設施。牽頭建立了合肥戰(zhàn)略能源和物質科學大型儀器區(qū)域分中心。

合肥研究院是科技部授予的國家創(chuàng)新人才培養(yǎng)示范基地。截至2018年底，共有在職職工2600余人，其中專業(yè)技術人員2000余人，包括中國科學院院士2人、中國工程院院士4人、研究員及正高級工程技術人員300余人。

自2014年起，合肥研究院的研究生教育由中國科學院大學調整至中國科學技術大學?，F(xiàn)設有14個二級學科博士研究生培養(yǎng)點；設有25個碩士研究生培養(yǎng)點，并設有9個專業(yè)學位碩士研究生培養(yǎng)點。截至2018年12月，共有在學研究生1800余人。

2014年，合肥研究院和中國科大聯(lián)合申請成立了“中科院合肥大科學中心”，該中心于2016年以“優(yōu)秀”成績完成籌建。在此基礎上，合肥研究院積極推動安徽省、中科院聯(lián)合申報合肥綜合性國家科學中心。合肥綜合性國家科學中心于2017年1月10日正式獲國家發(fā)改委和科技部聯(lián)合批復，由安徽省人民政府和中國科學院共建，合肥研究院是合肥綜合性國家科學中心的核心建設單位之一。